L'institut Shibusen forme des chasseurs de démons. Chacun se voit confier une arme qui peut prendre forme humaine et doit capturer l'âme de 99 humains corrompus. Armé de sa faux Soul Eater, Maka Albarn tente de mener à bien sa mission. Soul et Maka se rendent en Italie afin de capturer l'âme d'un oeuf du Grand Dévoreur. Leur mission accomplie, ils détectent une étrange présence dans une église et décident d'aller voir de plus près. Ils y rencontrent Crona et son arme Ragnarok, qui émane de son corps...