XIII est maintenant poursuivi par le gouvernement mais également par les responsables de Synequanon, qui cherchent à se venger de celui qu'ils tiennent pour responsable de l'attentat. Fou de rage, Amos n'a plus qu'une idée en tête : retrouver XIII et lui faire payer le meurtre de son épouse et de sa fille. XIII doit trouver des indices au plus vite pour démêler l'écheveau et se tirer de ce mauvais pas, tout en identifiant son double machiavélique. De son côté, Betty suit les indices laissés par son frère sur le projet Hearpe...