Scooby, Sammy et toute la bande enquêtent sur le mystère du fantôme de Jean Lebeau, ancien prisonnier d'un pénitencier qui avait brûlé vers 1870 et qui semble encore hanter la prison reconstruite sur le site. Alors qu'ils mènent l'enquête, l'acteur Morgan Freeman tourne un documentaire dans la prison, et décide d'inclure la bande à Scooby, tout en apprenant les bases du métier de chasseur de mystère.