C'est dans les archives de la Bibliothèque nationale de France que l'astrophysicien japonais Satoshi Tomokiyo a mis la main sur un trésor historique, composé de cinquante-sept lettres chiffrées. Pendant des mois, ce passionné de cryptographie et deux acolytes, l'informaticien franco-israélien George Lasry et le professeur de musique allemand Norbert Biermann, ont mené, à distance et sur leur temps libre, un travail titanesque pour reconstituer le contenu de ces courriers, après avoir découvert avec stupéfaction l'identité de leur expéditrice : Marie Stuart (1542-1587), reine catholique d'Écosse, retenue prisonnière pendant près de vingt ans par sa cousine protestante Élisabeth Ire d'Angleterre, qui voyait en elle une rivale et finit par la condamner à mort pour haute trahison. Mais comment le trio est-il parvenu à casser le code ?