Six mois se sont écoulés. Booth et Brennan ont changé de vie. Brennan a donné naissance à un deuxième enfant, et Booth travaille maintenant pour le FBI. Mais une affaire va les ramener vers l'Institut Jefferson : le corps carbonisé d'un homme a été découvert dans une voiture. Tout semble indiquer qu'il s'agit de Booth. Brennan se remet en selle pour découvrir ce qui s'est passé. Cette onzième saison reprend les éléments qui ont fait le succès de la série. A noter, le cinquième épisode est un cross-over avec la série "Sleepy Hollow". Alors que Booth et Brennan s'opposent sur le bien-fondé du rituel de la petite souris pour leur fille, on retrouve le corps sans vie d'une prestidigitatrice dans une forêt. La victime était une spécialiste des tours d'évasion. L'équipe se retrouve à mener l'enquête au sein du Magic Palace, une salle où se produisent d'autres magiciens. Il semblerait que l'artiste ait eu des activités secrètes qui lui ont valu de nombreux ennemis au sein de la communauté du spectacle...