Six mois se sont écoulés. Booth et Brennan ont changé de vie. Brennan a donné naissance à un deuxième enfant, et Booth travaille maintenant pour le FBI. Mais une affaire va les ramener vers l'Institut Jefferson : le corps carbonisé d'un homme a été découvert dans une voiture. Tout semble indiquer qu'il s'agit de Booth. Brennan se remet en selle pour découvrir ce qui s'est passé. Cette onzième saison reprend les éléments qui ont fait le succès de la série. A noter, le cinquième épisode est un cross-over avec la série "Sleepy Hollow". Les restes d'un homme sont retrouvés dans la forêt, après avoir été dévorés par des coyotes-loups. Dans la panique, le jeune chasseur qui a trouvé le cadavre a fait exploser le crâne d'un coup de fusil malencontreux. Pendant que Hodgins et Wells partent en quête d'indices pour déterminer les causes de la mort de cet agent immobilier, passionné de jeux vidéo et notamment de football virtuel, l'institut Jefferson accueille Beth Mayer, une anthropologue médico-légale si expérimentée qu'elle en rend Brennan quasiment jalouse...