L'entrepôt 13 a été entièrement détruit par la bombe de Walter Sykes. Frederic est morte, mais Artie, Myka et Pete ont survécu. Sans le vouloir, Artie révèle son secret à Leena. Il finit par en évoquer une partie avec Claudia et Steve. Une terrible épidémie menace l'humanité. Laura Innes, Lindsay Wagner, Sam Huntington, Kate Mulgrew, Joel Grey ou encore Brent Spiner font partie des guest stars de cette quatrième saison. L'équipe doit faire face à la destruction de l'entrepôt et à la mort tragique de trois de leurs amis : Steve Jinks, madame Frédéric et HG Wells. Pete, Myka, Artie, Leena et Claudia doivent décider s'ils vont utiliser un artefact dangereux et risquer la mort pour rétablir la situation...