Daniel Jackson a découvert que les Anciens, grâce à la Porte des étoiles, ont exporté leur civilisation et leur savoir sur Pégase, une galaxie naine proche de la Terre. Cette civilisation antédiluvienne correspondrait à la mythique Atlantide. Afin de vérifier ces hypothèses, un nouveau programme d'exploration est mis sur pied, dirigé par le docteur Wear, une scientifique qui a remplacé le colonel O'Neill. A la demande de cette dernière, le major Shepard, un pilote d'hélicoptère que rien n'effraie, se joint à l'expédition. Ce qu'ils vont découvrir de l'autre côté de la Porte des étoiles n'est peut-être pas à la hauteur de leurs espoirs... En voulant échapper aux Wraith et à une créature parasite, le major John Sheppard tente une manoeuvre désespérée en passant la Porte des étoiles avec sa navette. L'appareil reste malheureusement prisonnier du vortex. Selon les connaissances dont disposent les scientifiques, il est impératif de dégager l'équipage avant 38 minutes. Sinon, la porte se refermera automatiquement, entraînant la destruction de la navette. Depuis Atlantis, le docteur Weir tente de mettre sur pied un plan de sauvetage. Il est d'autant plus urgent d'intervenir que le parasite s'est fixé sur le cou de Sheppard et le vide de son énergie vitale...