En 1876. Le capitaine Nathan Algren est ressorti traumatisé de la guerre de Sécession. Envoyé au Japon par son pire ennemi, Nathan est chargé de mater la rébellion du samouraï Katsumoto et de ses hommes, qui refusent l'ordre "moderne" que veut instaurer le jeune empereur. Il n'est pas au bout de ses peines...