Six mois se sont écoulés. Booth et Brennan ont changé de vie. Brennan a donné naissance à un deuxième enfant, et Booth travaille maintenant pour le FBI. Mais une affaire va les ramener vers l'Institut Jefferson : le corps carbonisé d'un homme a été découvert dans une voiture. Tout semble indiquer qu'il s'agit de Booth. Brennan se remet en selle pour découvrir ce qui s'est passé. Cette onzième saison reprend les éléments qui ont fait le succès de la série. A noter, le cinquième épisode est un cross-over avec la série "Sleepy Hollow".