D'enquête en enquête, les relations entre la DHR, une organisation de policiers corrompus, et la mafia russe se dégradent. Reese, traqué, blessé, tente d'échapper à ses poursuivants. Carter poursuit son objectif : faire tomber la DRH. La machine a pris son indépendance. Nul ne sait quels buts elle s'est fixée. Du fond de son asile, Root tente de se reconnecter et de s'évader. Shaw apporte à Reese et Finch une aide que sa violence rend problématique. Amy Acker et Sarah Shahi sont promues au rang de personnage principal dans cette troisième saison. Tandis qu'il garde toujours Root en otage, Finch est le premier à se mettre en rapport avec l'hypnothérapeute Hayden Price, leur nouveau numéro. Il comprend vite qu'il a affaire à un escroc, car son diplôme est visiblement faux et ses questions sont orientées de façon à permettre le piratage de codes numériques secrets. Toutefois, Finch est persuadé qu'en l'occurrence Price est plutôt une cible. Sven Vanger, un des clients de Price, est antiquaire. Il utilise un stratagème astucieux pour blanchir l'argent sale de la DRH. L'équipe doit trouver pourquoi la vie de Price pourrait être mise en danger à cause de son lien avec l'antiquaire...