En parallèle des enquêtes menées par son équipe du FBI, Jack Malone apprend que son père, avec qui il a toujours une relation plutôt difficile, est atteint de la maladie d'Alzheimer. Il décide alors de s'occuper davantage de lui, non sans quelques difficultés. Vers la fin de cette deuxième saison, Maria, l'épouse de Jack, lui annonce qu'elle vient d'obtenir une promotion à Chicago et qu'elle ne veut pas qu'il l'accompagne. En 2004, Anthony LaPaglia, qui incarne Jack Malone, s'est vu attribuer le Golden Globe du meilleur acteur dans une série dramatique. La veille d'un concert important, Natasha Tzetcovich, une violoniste russe d'à peine 14 ans, disparaît. L'équipe de Jack est immédiatement alertée. Elle prend contact avec les parents de l'adolescente. Il ressort de cet entretien que Natasha souffrait de terribles crises de panique, dues en partie à la pression psychologique imposée par ses parents, désireux de la voir se surpasser. Les enquêteurs découvrent rapidement que la jeune fille entretenait une relation avec le fils de son imprésario, qui la fournissait en drogue. Un échange de courriel avec un inconnu retient également leur attention...