Eddie et Jamie s'occupent d'une affaire de violence domestique associée à une enquête menée par Danny et Baez. Frank et l'archevêque Kearns, de leur côté, partent en mission afin de mieux comprendre ce qui se trame en ville. Enfin, Erin reçoit une offre de son ex-mari, Jack Boyle, concernant sa candidature au poste de procureur. Cette treizième saison est marquée par l'apparition de nombreux invités. Jennifer Esposito, notamment, qui reprend le rôle de Jackie Curatola, mais aussi Larry Manetti et Dylan Walsh. Erin n'est pas convaincue par les directives de son conseiller en communication pour sa campagne électorale. Jamie et sa nouvelle équipe infiltrent un réseau high-tech de contrebande de voitures. Eddie et Danny, eux, enquêtent sur un justicier qui se prend pour un policier et Frank s'oppose à un nouveau dispositif de patrouille mis en place par le maire, qui cause des blessures aux agents sur le terrain...