Les Minipouss, de petits êtres aux oreilles pointues et à la société bien organisée, vivent entre les murs des maisons, comme des souris. Les Minipouss met en scène une famille de créatures mi-humaines mi-souris, qui vivent clandestinement dans la maison de la famille Legrand et dont seul Éric, le garçon, connaît l'existence. Mais un scientifique et son assistant semblent déterminés à prouver l'existence de ces créatures et talonnent le jeune garçon qui doit redoubler de prudence et d'imagination pour protéger l'identité de ses petits amis.