Après l'explosion survenue au Mur des Lamentations, douze guerriers laissés pour morts s'éveillent dans un monde nouveau. Leurs armures ont évolué grâce au sang de la déesse Athéna, faisant d'eux des chevaliers d'or. L'un d'entre eux, Aiolia, fait une rencontre qui l'entraîne vers de nouvelles missions. Mu entend de Shaka la vérité sur une des grandes puissances. Ensuite, la télépathie de Mu atteint Aiolia et Lyfia qui se dirigent vers l'arbre Yggdrasil. Son histoire révèle que la barrière de cet arbre peut être détruite en utilisant le Cosmos. Aldebaran, Dohko et Miro, qui ont également reçu l'information par télépathie, se rendent sur la Grande Racine pour détruire la barrière. Cependant, les Saints apparaissent en travers de leur chemin...