Fred, Véra, Daphné, Sammy et Scooby-Doo enquêtent sur des grands mystères. Au programme de cette première saison, la bande est confrontée à plusieurs événements étranges : un homme-crabe, une ville fantôme peuplée par des crocodiles et un gnome. Tandis que le père de Fred, Fred Senior, se présente aux élections municipales contre le fils de Théodore Ladderton, l'ancien maire accusé de vol, l'équipe de détectives est confrontée à un évènement étrange : tous les boutons de porte de Crystal Cove ont disparu...