Si Booth finit par être innocenté et la conspiration qu'il dénonçait enfin révélée au grand jour, l'équipe de l'institut Jefferson doit néanmoins composer avec la perte d'un des leurs. Pour surmonter ce décès, tous se lancent à corps perdu dans le travail. Nouveau coéquipier de Booth au sein du FBI, James Aubrey tente d'amadouer son partenaire, mais celui-ci a bien du mal à lui accorder sa confiance. Malgré le soutien de Brennan, il se retrouve confronté à ses vieux démons. Le 200e épisode de la série est diffusé au cours de cette saison et transporte les personnages dans les années 50. Hutch Whitehouse, l'animateur d'une émission de radio à succès, connu pour ses propos radicalement conservateurs, est retrouvé mort sous un pont. Chargée de l'enquête, l'équipe de l'Institut Jefferson réduit rapidement la liste des suspects après avoir découvert certaines activités pour le moins surprenantes de la victime. De son côté, l'agent Aubrey tente de gagner la confiance de Booth mais celui-ci ne semble pas encore tout à fait prêt à remplacer Sweets. Quant à Brennan, elle s'inquiète pour son conjoint...