Les problèmes s'accumulent pour l'expédition menée le Colonel Sheppard. La cité mythique d'Atlantis est en grand danger et le Docteur Weiss est gravement blessée. La lutte continue contre des Wraiths et des Asurans de plus en plus menaçants. L'équipe, composée notamment de Ronon Dex, Teyla Emmagan et Aiden Ford, a plus que jamais besoin d'alliés. La quatrième saison du spin off de Stargate SG-1 a connu quelques changements majeurs dans son casting, qui n'ont pas affecté son succès critique. Ronon retrouve de vieux amis : un groupe de Satedans rescapés d'une attaque wraith. Par loyauté envers ses anciens compagnons d'armes, il décide de quitter Atlantis pour se joindre à eux. Avant de partir, Ronon accepte une dernière mission : infiltrer un laboratoire wraith où se mènent des recherches qui mettent la galaxie en danger. Pendant ce temps, le colonel Carter arrive en leader sur Atlantis et prend ses nouvelles fonctions au sein de la cité...