Avec l'avenir incertain d'Atlantis et des enjeux plus grands que jamais, le Colonel Sheppard et son équipe doivent faire face à leurs plus grands défis pour assurer la survie de l'humanité. L'équipe, composée notamment de Ronon Dex, Teyla Emmagan et Rodney McKay, doit naviguer à travers des combats intenses et des alliances changeantes. La cinquième et dernière saison du spin off de Stargate SG-1 clôt les aventures de l'équipe d'Atlantis et met les bouchées doubles sur les phases d'action. Samantha Carter organise une mission pour venir en aide à l'équipe d'Atlantis, ensevelie sous les décombres d'un bâtiment. Parmi ceux qui viennent à la rescousse, Alicia Vega, une nouvelle venue. Les survivants se divisent en deux groupes, avec Ronon et Sheppard d'un côté, et McKay et Lorne de l'autre. Michael et sa nouvelle armée, qui retiennent prisonnière Teyla, sur le point d'accoucher, lancent une attaque...