Un vaisseau identique au Dédale apparaît inexplicablement en orbite autour de la Terre. Après être montée à bord de la navette abandonnée et sans énergie, l'équipe d'Atlantis est subitement transportée vers des dimensions parallèles peuplées par des formes de vie hostiles. McKay doit rapidement comprendre ce qu'il se passe afin que ses compagnons et lui-même puissent retrouver la réalité sous peine d'être perdus à jamais...