Lors d'une expédition pour trouver un nouveau site alpha, John Sheppard et son équipe rencontrent quelques problèmes avec un jumper qu'ils parviennent à résoudre. De retour sur Atlantis, ils réalisent que la ville est victime des mêmes soucis. Alors que McKay tente de déterminer l'origine de ces incidents, toute l'énergie disparaît d'Atlantis, à l'exception d'un ordinateur sur lequel apparaît un message : "à l'aide"...