Callen est suspendu après avoir ouvert le feu sur le génie du crime qui narguait l'OPS à la fin de la saison précédente. Hetty, se sentant responsable, décide de prendre sa retraite. Mais elle ne reste pas inactive pour autant, car l'équipe est très sollicitée. Ainsi, des bombes mises en circulation par des agents dormants russes mobilisent Callen et ses amis une bonne partie de la saison. Quelques surprises sont également au rendez-vous. L'identité de la femme de Sam pourrait être révélée, tandis que l'OPS devra travailler en collaboration avec une autre unité du NCIS, l'équipe "Rouge". Une série au ton délibérément "jeune", plébiscitée lors des Teen Choice Awards cette saison. Alors que Noël approche, tous les membres de l'équipe doivent partir sur un navire qui croise en mer du Japon car un marin a été retrouvé mort. Callen et son équipe doivent déterminer si sa mort est accidentelle ou non. Le jour même, le défunt s'était battu avec un quartier-maître. Sam est contrarié par cette nouvelle car il comptait passer les fêtes de fin d'année avec sa fille. Sur place, Deeks se fait très vite remarquer par son attitude rebelle et provoque une bagarre qui complique l'enquête. Quant à Nell et Eric, ils se retrouvent seuls au quartier général et ont du mal à gérer leur isolement...