En parallèle des enquêtes menées par son équipe du FBI, Jack Malone apprend que son père, avec qui il a toujours une relation plutôt difficile, est atteint de la maladie d'Alzheimer. Il décide alors de s'occuper davantage de lui, non sans quelques difficultés. Vers la fin de cette deuxième saison, Maria, l'épouse de Jack, lui annonce qu'elle vient d'obtenir une promotion à Chicago et qu'elle ne veut pas qu'il l'accompagne. En 2004, Anthony LaPaglia, qui incarne Jack Malone, s'est vu attribuer le Golden Globe du meilleur acteur dans une série dramatique. Un jeune garçon d'origine hispanique est enlevé avec violence en plein jour dans une rue de Spanish Harlem. Les témoins de la scène ne connaissaient pas l'enfant et les enquêteurs du FBI ignorent l'identité de la petite victime. Jack et son équipe sont inquiets de constater que personne ne vient signaler la disparition de l'enfant. Des recherches permettent aux enquêteurs de découvrir l'identité du jeune garçon, qui s'appelle Nelson Rodriguez. Il pourrait avoir été enlevé par un pédophile qui s'est récemment installé dans le quartier. Craignant le pire, toute l'équipe se mobilise pour retrouver le garçon avant qu'il ne soit trop tard...