Un accident de voiture se produit à Manhattan. Les enquêteurs découvrent qu'aucun conducteur n'était à bord. Le FBI classe l'affaire, mais l'agent Amy Jessup est curieuse. Peter et Walter Bishop, de la Fringe Unit de Boston, comprennent qu'un phénomène étrange est à l'origine de l'accident. Olivia Dunham, collègue du FBI, est mystérieusement éjectée de la voiture et se retrouve entre la vie et la mort. Elle est la cible d'un soldat polymorphe qui peut prendre l'apparence de proches pour atteindre sa cible.