Mississippi, été 1964. Trois jeunes militants des droits civiques, un Noir et deux Blancs, venus établir un centre d'inscription électoral pour les Noirs, disparaissent mystérieusement. Deux agents du FBI, Rupert Anderson, un homme du Sud, souple, avisé et rompu aux méthodes de terrain, et Alan Ward, un yankee cassant et intransigeant, sont chargés de l'enquête. Les méthodes de Ward suscitent de vives réactions de la part du Ku Klux Klan, dont la responsabilité dans l'affaire des disparus ne fait bientôt plus l'ombre d'un doute. La violence éclate. Explosions et incendies défient la loi et ses représentants. Anderson décide de réagir avant qu'il ne soit trop tard...