En parallèle des enquêtes menées par son équipe du FBI, Jack Malone apprend que son père, avec qui il a toujours une relation plutôt difficile, est atteint de la maladie d'Alzheimer. Il décide alors de s'occuper davantage de lui, non sans quelques difficultés. Vers la fin de cette deuxième saison, Maria, l'épouse de Jack, lui annonce qu'elle vient d'obtenir une promotion à Chicago et qu'elle ne veut pas qu'il l'accompagne. En 2004, Anthony LaPaglia, qui incarne Jack Malone, s'est vu attribuer le Golden Globe du meilleur acteur dans une série dramatique.