Un agent de la brigade des stupéfiants est retrouvé mort : son assassin lui a tiré une balle dans la tête. Rizzoli et ses collègues apprennent que la victime travaillait sous couverture pour le compte de la brigade criminelle. Le commandant Cavanaugh décide de mettre tous ses hommes sur l'enquête, tandis que Rizzoli, Frankie Jr et Maura retournent au poste pour interroger Bobby, le coéquipier de l'agent abattu. Une bande d'hommes armés assiège soudain le commissariat en tuant tous les officiers de police qu'ils trouvent sur leur passage. C'est la panique, mais les professionnels retrouvent vite leurs réflexes et organisent la défense du lieu...