Quelqu'un tente d'assassiner Nathan, des individus spéciaux très dangereux s'échappent des cachots de Primatech et un ennemi que tous pensaient mort fait son retour. Face à cette crise, Angela Petrelli recrute Sylar et Nathan, las d'être manipulé, révèle à tous l'existence des spéciaux, ce qui provoque une chasse à l'homme du gouvernement. Composée de deux parties, cette troisième saison se recentre autour de la famille Petrelli, au coeur de l'intrigue.