MacGyver est opposé à un nouvel adversaire particulièrement rusé dont les plans ont été soigneusement réalisés et qui vont l'obliger à faire un choix difficile. Il va devoir soit sauver la vie d'un ami soit celles de centaines de personnes innocentes. Mac reçoit, par ailleurs, des informations importantes concernant son père, qui risquent de l'éloigner encore un peu plus de lui...