Un attentat a été perpétré sur un navire de la Navy, en plein sommet mondial contre le terrorisme. Le bateau abritait des personnalités étrangères, dont le conseiller russe Palenko. Selon les premiers éléments rassemblés par l'équipe du NCIS, c'est Sergei Mishnev, un agent russe, qui serait à l'origine de l'attentat. Cet homme, ennemi juré de Gibbs, est traqué depuis un moment. Comment a-t-il pu organiser tout ça ? Gibbs annonce qu'il se retire de l'enquête et décide de laisser le champ libre à son équipe pour la suite des investigations. Il consacre désormais son temps à l'agent Fornell, au bord du gouffre depuis l'assassinat de sa femme...