Au cours d'une mission spéciale, Tony a été blessé par balle. On l'a retrouvé avec le sang d'un agent du NCIS sur lui, sans qu'il ait aucun souvenir de ce qui s'est passé. Tandis qu'il essaye de recouvrer la mémoire avec le docteur Rachel Cranston, Gibbs l'aide à rassembler les pièces du puzzle concernant la mission secrète qui lui a été confiée par le Secrétaire national. Mais le travail de mémorisation est particulièrement ardu. Pendant ce temps, les premières conclusions de l'enquête laissent supposer que Tony a essuyé des tirs et usé de son arme au cours d'une violente fusillade...