Le Professeur Platane et Alexia explorent des ruines et découvrent la statue de pierre d'une jeune femme nommée Agnès. Une légende leur revient. Le bien-aimé d'Agnès, Yann, aurait tenté de vaincre le Pokémon Destruction Yveltal. Mais c'est le jeune homme qui a été vaincu, et après avoir anéanti toute vie dans le pays et changé Agnès en pierre, Yveltal se serait transformé en cocon...