La mission de Jack O'Neill pour défendre Atlantis échoue lorsqu'il est fait prisonnier, avec Richard Woolsey, pendant un assaut des Réplicateurs. L'équipe de Sheppard, le docteur Weir et le docteur Carson volent un jumper et partent pour la galaxie Pégase dans l'espoir de les sauver. Mais parviendront-ils à reprendre Atlantis ?