Alertés par des coups de feu, des jeunes gens assistent, impuissants, au naufrage d'un bateau sur la plage. Pendant ce temps, l'équipe du NCIS est prévenue que le corps d'un capitaine vient d'être retrouvé au large des côtes. L'équipe ne tarde pas à faire le lien entre ce meurtre et celui des deux hommes du bateau, mêlés à un trafic de drogue. Mais Gibbs reste cependant sceptique : il doute de l'implication d'un capitaine dans une affaire aussi douteuse...