Ducky et son assistant, Gerald, sont pris en otage dans la salle d'autopsie du NCIS par un inconnu. L'homme, armé et déterminé, s'intéresse à un terroriste palestinien nommé Qassam, que Gibbs a dû abattre peu de temps auparavant. Le preneur d'otages veut à tout prix mettre la main sur les pièces à conviction de l'affaire. Kate est, à son tour, bientôt piégée dans la salle d'autopsie, et Gerald est grièvement blessé. Lorsque Gibbs comprend enfin ce qui se passe dans les sous-sols, il sonne le branle-bas de combat. Tout le NCIS se mobilise pour neutraliser l'agresseur et libérer les prisonniers avant qu'il ne soit trop tard...