Grâce à l'aide des Asgards, O'Neill, plongé en état de stase, parvient à recouvrer tous ses moyens. Il dirige momentanément le SGC, mais ne se sent guère à l'aise dans la peau d'un responsable administratif. Teal'c, qui a tenté de s'installer en ville, connaît quelques problèmes de voisinage. Un industriel et des journalistes menacent de révéler l'existence de la porte des étoiles. L'heure est grave, d'autant plus que les Réplicateurs, des robots qui se nourrissent de métal, sont en passe d'envahir toute la galaxie. Une saison qui ouvre ses horizons grâce à des entités fortes : Anubis, les Réplicateurs et des lieux symboliques, comme la cité d'Atlantis.