Callen et Sam collaborent toujours avec le capitaine de la marine Harmon Rabb Jr, afin d'appréhender des espions à bord du USS Allegiance. De son côté, Hetty s'associe au lieutenant-colonel Sarah "Mac" MacKenzie pour neutraliser une attaque par missile au Moyen-Orient. Pendant ce temps, Kensi et Deeks sont pris au piège en Irak, dans une unité mobile de la CIA, victimes d'une attaque par l'Etat islamique...