L'équipe du NCIS mène l'enquête après la mort d'un officier de la marine qui semble s'être tué en sautant d'un pont sur une autoroute. Mais l'autopsie révèle que l'homme était déjà mort au moment de la chute. Après des recherches, les agents découvrent que la victime était un spécialiste des sous-marins. Ils croisent un agent de la DEA qui leur révèle qu'un puissant cartel utilise ces engins pour acheminer de la drogue de la Colombie vers les Etats-Unis. Callen et Sam apprennent qu'un vaisseau manque à l'appel. Ils doivent à tout prix le localiser pour contrer les plans des trafiquants. De son côté, Hetty est convoquée à Washington...