L'institut Jefferson est sollicité pour enquêter sur la mort de Stephanie McNamara, la fille d'une famille aisée, dont le corps a été retrouvé au sein d'un parc national. Au fil des premiers indices et des recherches, Bones pense qu'elle a été victime de la "tueuse fantôme". Stephanie McNamara porte, en effet, les mêmes blessures que les autres personnes tuées. Mais au cours de l'enquête, l'équipe apprend que Stephanie a été violentée par son père pendant son enfance et qu'elle a des liens avec chacune des victimes de la tueuse...