La délégation de scientifiques et de militaires menée par le Colonel Sheppard, envoyée pour explorer la cité mythique d'Atlantis, poursuit ses aventures dans la galaxie de Pégase, découvrant de nouveaux mondes et d'autres technologies. L'équipe, composée notamment de Ronon Dex, Teyla Emmagan et Aiden Ford, doit continuer à défendre la cité perdue contre de multiples menaces. Ils affrontent des Wraiths de plus en plus intelligents et font la connaissance des Asurans. Cette troisième saison du spin off de Stargate SG-1 a été l'une des mieux accueillie, notamment grâce à la place accordée au développement des personnages.