En 2014, à la suite du combat opposant Godzilla aux MUTOs à San Francisco, Cate Randa, institutrice, retrouve son père Hiroshi, dont elle était séparée depuis longtemps. Peu après, celui-ci disparaît mystérieusement, sans fournir la moindre explication. Un an plus tard, Cate se rend à Tokyo afin de régler la succession de son père. Elle y découvre qu'Hiroshi avait une seconde épouse, Emiko, ainsi qu'un fils, Kentaro, installé au Japon. Ce dernier l'emmène au bureau de leur père, où Cate met la main sur un coffre-fort renfermant des dossiers ayant appartenu à leur grand-père, Bill Randa, chercheur lié au projet Monarch...