Six mois se sont écoulés. Booth et Brennan ont changé de vie. Brennan a donné naissance à un deuxième enfant, et Booth travaille maintenant pour le FBI. Mais une affaire va les ramener vers l'Institut Jefferson : le corps carbonisé d'un homme a été découvert dans une voiture. Tout semble indiquer qu'il s'agit de Booth. Brennan se remet en selle pour découvrir ce qui s'est passé. Cette onzième saison reprend les éléments qui ont fait le succès de la série. A noter, le cinquième épisode est un cross-over avec la série "Sleepy Hollow". Le corps d'une journaliste de renom est retrouvé dans le bassin d'un terrain de golf. La victime était à l'origine d'un article faisant des révélations explosives sur des opérations menées par la NSA, relayées par un informateur au sein même de cette organisation. Les soupçons se tournent immédiatement vers l'agence de surveillance américaine, qui oppose néanmoins sa bonne foi. Le FBI et l'institut Jefferson mènent leur enquête. Mais ils ont vite le sentiment que leurs moindres faits et gestes sont surveillés et craignent d'avoir été mis sur écoute...