Si, au début de leurs aventures, les six naufragés de l'espace se sont réveillés dans un vaisseau, c'est bien dans une prison qu'ils ouvrent cette fois les yeux. Tous essaient de comprendre le fonctionnement du lieu. Deux se lie d'amitié avec une des détenues, Nyx. Grâce à son aide, ils élaborent un plan d'évasion. Mais l'opération est remise en cause lorsque trois des reclus perdent soudainement la mémoire. Androïde, de son côté, installe un logiciel qui lui permet de se faire passer une humaine. Elle espère ainsi tromper la vigilance de l'Autorité Galactique. Anthony Lemke et Zoie Palmer, qui ont tourné ensemble dans "Lost Girl", se retrouvent dans cette 2e saison aboutie. Un demande à rencontrer le vigile qui aurait aidé Boone à tuer sa femme. Deux, Trois et Quatre tentent de comprendre le fonctionnement de la prison où ils se sont réveillés. Deux est envoyée en isolement et se lie d'amitié avec Nyx, une détenue...