Le Naval Criminal Investigative Service – NCIS – a fait ses valises pour enquêter sur le meurtre d'un marin. Cette unité spéciale, chargée des affaires criminelles liées aux Marines, a quitté Washington pour Los Angeles, où ses membres ont pu faire connaissance avec leurs confrères californiens et admirer leurs installations dernier modèle. Après s'être remis plus vite que prévu de l'agression dont il a été victime, Callen reprend du service à la cellule de Los Angeles. Son chef, Vance, le charge d'élucider l'affaire de l'enlèvement du commandant Frank McGuire, kidnappé par un groupe de malfaiteurs mexicains liés au cartel de la drogue... Une enquête sur le meurtre d'un trafiquant de drogue, survenu au cours d'une transaction qui a terminé en fusillade, amène Sam à revoir un ancien collègue de la Navy, Kurt Holgate, qu'il a connu lors d'un entraînement pour une mission en Bosnie. Les responsables de l'assaut semblent en effet être des Navy Seals, et Holgate a l'air d'être impliqué dans l'affaire, d'autant qu'Eric découvre rapidement que Ramirez, un autre membre de son équipage, est mort. Sa veuve leur révèle qu'il a été tué par un trafiquant de drogue. L'équipe approfondit l'enquête et constate que Morris Raspen et Timothy Jackson, autres membres de l'équipe de Holgate, manquent également à l'appel...