En parallèle des enquêtes menées par son équipe du FBI, Jack Malone apprend que son père, avec qui il a toujours une relation plutôt difficile, est atteint de la maladie d'Alzheimer. Il décide alors de s'occuper davantage de lui, non sans quelques difficultés. Vers la fin de cette deuxième saison, Maria, l'épouse de Jack, lui annonce qu'elle vient d'obtenir une promotion à Chicago et qu'elle ne veut pas qu'il l'accompagne. En 2004, Anthony LaPaglia, qui incarne Jack Malone, s'est vu attribuer le Golden Globe du meilleur acteur dans une série dramatique. Le père Henry Stevens, atteint d'une cirrhose du foie, n'a pas été revu depuis plusieurs heures, et la voiture de la paroisse demeure introuvable. Cette disparition est inquiétante, car la Banque américaine de dons d'organes peut enfin proposer au prêtre le foie dont la greffe lui sauvera la vie. Si on ne retrouve pas le prêtre très vite, il n'aura peut-être pas d'autre chance de guérir. Sous pression, le FBI interroge le médecin du père Stevens, qui écarte catégoriquement l'hypothèse du suicide. Le père Walker, qui secondait le père Stevens, déclare ne lui connaître aucun ennemi. La vie du prêtre paraît bien lisse aux enquêteurs, jusqu'au moment où ils découvrent une forte somme d'argent cachée dans un livre...