En parallèle des enquêtes menées par son équipe du FBI, Jack Malone apprend que son père, avec qui il a toujours une relation plutôt difficile, est atteint de la maladie d'Alzheimer. Il décide alors de s'occuper davantage de lui, non sans quelques difficultés. Vers la fin de cette deuxième saison, Maria, l'épouse de Jack, lui annonce qu'elle vient d'obtenir une promotion à Chicago et qu'elle ne veut pas qu'il l'accompagne. En 2004, Anthony LaPaglia, qui incarne Jack Malone, s'est vu attribuer le Golden Globe du meilleur acteur dans une série dramatique. Whitney Ridder, une jeune femme qui fréquente la jet-set, sort acheter des cigarettes au cours d'une soirée donnée par son fiancé et disparaît. Le lendemain, Jack Malone interroge Christopher, le compagnon éploré. Celui-ci explique que la jeune femme est issue d'une grande famille de Philadelphie et qu'elle dirige une société d'investissement dans les hôtels-clubs. Pourtant, Martin apprend que Whitney avait dû mettre un terme à ses affaires trois mois plus tôt. De leur côté, Vivian et Samantha découvrent qu'elle est décédée depuis plusieurs mois. Les enquêteurs se posent alors des questions sur Christopher, qui semble avoir joué un rôle important dans cette étrange affaire...