En parallèle des enquêtes menées par son équipe du FBI, Jack Malone apprend que son père, avec qui il a toujours une relation plutôt difficile, est atteint de la maladie d'Alzheimer. Il décide alors de s'occuper davantage de lui, non sans quelques difficultés. Vers la fin de cette deuxième saison, Maria, l'épouse de Jack, lui annonce qu'elle vient d'obtenir une promotion à Chicago et qu'elle ne veut pas qu'il l'accompagne. En 2004, Anthony LaPaglia, qui incarne Jack Malone, s'est vu attribuer le Golden Globe du meilleur acteur dans une série dramatique. Une mère de famille disparaît de chez elle alors qu'elle revenait du supermarché. Jack Malone se souvient d'avoir enquêté douze ans auparavant sur le même type d'affaire : cinq femmes blanches, entre 25 et 35 ans, avaient été enlevées à leur domicile, puis torturées et violées dans un hangar. L'homme responsable de ces atrocités, le "tueur de Rockrille", a été condamné à perpétuité et séjourne toujours en prison. Jack et Martin décident de lui rendre une petite visite. Avec un interrogatoire habile, ils espèrent obtenir des informations sur l'identité ou le profil d'un psychopathe qui aurait pu faire disparaître la malheureuse...