Après les assauts sur Raas Kkhotskha, John-117 et son intelligence artificielle Cortana sont séparés chirurgicalement. Six mois plus tard, la Silver Team est envoyée en mission pour évacuer les habitants de la planète Sanctuaire, qui résistent jusqu'à ce que le Covenant commence à gagner du terrain sur la planète. Après que John ait sauvé le caporal Talia Perez d'une escouade d'élite, l'équipe d'Argent s'échappe de justesse. Sur Reach, l'escouade rencontre l'agent James Ackerson, le remplaçant de Halsey dans la supervision du programme Spartan-II. Ackerson se préoccupe des effets secondaires de l'implantation de Cortana dans le cerveau de John-117...