Eddie et Jamie s'occupent d'une affaire de violence domestique associée à une enquête menée par Danny et Baez. Frank et l'archevêque Kearns, de leur côté, partent en mission afin de mieux comprendre ce qui se trame en ville. Enfin, Erin reçoit une offre de son ex-mari, Jack Boyle, concernant sa candidature au poste de procureur. Cette treizième saison est marquée par l'apparition de nombreux invités. Jennifer Esposito, notamment, qui reprend le rôle de Jackie Curatola, mais aussi Larry Manetti et Dylan Walsh. Frank et son petit-fils, Joe Hill, doivent faire face à une terrible insulte à la mémoire du père de Joe. Erin et Henry collaborent pour stopper un escroc ciblant les personnes âgées au téléphone. La capitaine McNichols s'intéresse soudainement à l'affaire de chiens volés sur laquelle Eddie et Badillo enquêtaient...