Deux mois après que Gibbs et McGee ont été vus pour la dernière fois, luttant contre un groupe de rebelles insaisissables dans une jungle du Paraguay, l'équipe du NCIS à Washington, dirigée en intérim par Ellie Bishop, cherche sans relâche ses collègues disparus. Parallèlement, Leon Vance et Nick Torres sont convoqués à une audience du Congrès sur les retombées et les éventuelles violations des règles de conduite commises durant la mission au Paraguay. Retenus prisonniers, Gibbs et McGee élaborent, quant à eux, un plan d'évasion...